Coraz częściej podmioty prowadzące działalność gospodarczą mają problem z zaliczkami, które są wpłacane w walucie obcej. Zaliczki takie wpłaca się na poczet dostawy, nietypowa waluta sprawia jednak, że ich prawidłowe ujęcie w księgach rachunkowych staje się zadaniem dość problematycznym. Zasada mówi o tym, że zarówno otrzymanie części, jak i całości zapłaty jeszcze przed dokonaniem dostawy towaru albo przed wykonaniem określonej usługi sprawia, że mamy do czynienia z obowiązkiem podatkowym, a tym samym również z koniecznością wystawienia na tę okoliczność faktury, która dokumentuje otrzymaną w ten sposób wpłatę.
Takie postępowanie powinno być zresztą powielane przy każdej kolejnej wpłacie. Oczywiście, bywa i tak, że faktura zaliczkowa nie obejmuje całej należności uiszczonej za wykonanie danej czynności. W takim przypadku dostawca lub usługodawca już po zrealizowaniu swoich zobowiązań musi wystawić fakturę końcową, która w literaturze przedmiotu bardzo często określana jest także mianem rozliczeniowej. Nie wolno przy tym zapominać, że suma wartości towarów lub usług powinna zostać pomniejszona o kwotę otrzymanych części zapłaty. Identyczna zasada odnosi się do kwoty niezbędnego do zapłacenia podatku. Wystawiając fakturę zaliczkową należy liczyć się z istnieniem określonych wymogów czasowych. Powinna być ona wystawiona nie wcześniej niż na 30 dni przed otrzymaniem zapłaty, nie może być jednak wystawiona później niż 15 dnia miesiąca, który następuje po miesiącu otrzymania płatności. Tu zresztą warto przypomnieć, że z powstawaniem obowiązku podatkowego mamy do czynienia bez względu na to, czy fakt otrzymania zaliczki zostanie potwierdzony fakturą, czy też nie będziemy mieli takiego dokumentu. Praktyka często różni się nieco od teorii, nie dziwi więc sytuacja, w której podatnik, jeszcze przed dostawą towaru lub wykonaniem usługi może liczyć na przynajmniej kilka zapłat, a tym samym staje przed koniecznością wystawienia więcej niż jednej faktury zaliczkowej. Tu prawo wpływa na pewne ograniczenie zobowiązań, które moglibyśmy określić mianem biurokratycznych, na kolejnych fakturach tego typu nie musi być już zawarta informacja na temat wystawianych wcześniej faktur zaliczkowych. Oczywiście, podawanie takich informacji nie jest zabronione i wielu przedsiębiorców chętnie korzysta z takiej możliwości. Sytuacja zmienia się, jeśli zaliczki lub przedpłaty pokrywają całą wartość przeprowadzonej transakcji. W takim przypadku ostatnia z wystawionych faktur powinna zawierać numery poprzednich dokumentów tego typu. Jeśli zaliczka jest dokonana w walucie obcej, najważniejszym obowiązkiem spoczywającym na podatniku jest ten, który wiąże się z koniecznością przeliczenia jej na złotówki. Tu bazą jest średni kurs NBP z ostatniego dnia roboczego, który poprzedza dzień otrzymania danej kwoty.
Oczywiście, może przyczynić się do powstania tak zwanych różnic kursowych, te ostatnie ustalane są jednak dopiero wtedy, gdy uzyskany zostanie przychód z transakcji, której dotyczy zaliczka. Prawo stanowi przy tym, że sam fakt dokonania wpłaty zaliczki oraz otrzymanie faktury zaliczkowej nie są czynnikami, które uprawniałyby podatnika do tego, aby kwota wpłaconej zaliczki została ujęta przez niego w kosztach podatkowych, jeśli bowiem mówimy o kosztach uzyskania przychodów, nie możemy zapominać o tym, że dotyczą one tylko tych wydatków, które są definitywne. Zaliczka nie ma takiego charakteru. Zasady ustalania różnic kursowych, które często budzą najpoważniejsze wątpliwości, są zawarte zarówno w ustawie o CIT, jak i w ustawie o PIT.