Gdy mówimy zarówno o rozliczeniach VAT, jak i o ewidencji księgowej operacji tego typu przez państwowe i samorządowe jednostki budżetowe oraz przez samorządowe zakłady budżetowe, musimy mieć świadomość tego, że mamy do czynienia z dość złożonym problemem. Do niedawna nie kwestionowano podmiotowości podatkowo-prawnej jednostek tego typu, w 2013 roku doszło jednak do zmiany o kluczowym znaczeniu.

Kontrowersyjna okazała się sentencja uchwały przyjętej przez NSA w czerwcu 2013 roku mówiąca o tym, że gminne jednostki budżetowe nie powinny być uznawane za podatników VAT. Oczywiście, nawet, jeśli z listy podatników VAT usuniemy gminne jednostki budżetowe, nie powinniśmy zapominać o tym, że nic nie zmienia się w tym kontekście nie tylko w wypadku państwowych jednostek budżetowych, ale również w odniesieniu do jednostek samorządu terytorialnego oraz samorządowych zakładów budżetowych. Obecna sytuacja powiatowych i wojewódzkich jednostek budżetowych może być zatem określana w najlepszym wypadku jako niejasna. Uchwała NSA, która wywołała tak wiele kontrowersji odnosi się wyłącznie do gminnych jednostek budżetowych, choć mówiąc o rozwiązaniach przyjętych w sentencji uchwały oraz w jej uzasadnieniu nie można nie dostrzec tego, że odnoszą się one również do samorządowych i wojewódzkich jednostek budżetowych. NSA w swoim uzasadnieniu ustosunkował się zresztą do problemy podmiotowości podatkowo-prawnej w odniesieniu do samorządowych zakładów budżetowych i nie miał żadnych wątpliwości, co do tego, że można je uznać za podatników VAT. W tym samym uzasadnieniu znalazła się też wzmianka traktująca o tym, że w przypadku państwowych jednostek budżetowych nie można odnosić do nich wprost tego stanowiska, które dotyczy jednostek budżetowych na szczeblu gminy. Oczywiście sędziowie NSA mieli świadomość tego, że pojawi się pewne zamieszanie, Ministerstwo Finansów zobowiązało się więc, że do końca roku 2013 zaprezentuje własną koncepcję rozliczania się z podatku VAT w odniesieniu do jednostek budżetowych gmin, co ma maksymalnie zmniejszyć uciążliwość uchwały przyjętej przez NSA, termin ten został jednak bardzo szybko przesunięty w czasie. Powodem takiego zabiegu było tak zwane pytanie prejudycjalne skierowane przez NSA do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, który miał wypowiedzieć się na temat tego, czy jednostka organizacyjna gminy może, czy też nie, zostać uznana za podatnika VAT jeśli jej czynności mają charakter inny niż te, które są wykonywane przez organy władzy publicznej. Jednocześnie zdecydowano, że do czasu przedstawienia odpowiedniej wykładni artykułu 9 dyrektywy

Rady dotyczącej wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, nie będzie się kwestionowało dotychczasowych praktyk. Podejście to ma dotyczyć nie tylko rozliczania jednostek budżetowych, ale również jednostek samorządu terytorialnego. Uporanie się z problemem i naświetlenie różnych jego następstw może być łatwiejsze po zapoznaniem się z artykułem o rozliczeniach i ewidencji księgowej VAT, jego tematem jest bowiem ewidencja księgowa w gminie dotycząca rozliczeń z tytułu VAT, które wynikają z czynności opodatkowanych VAT, za które odpowiedzialne są gminne jednostki budżetowe, w kontekście nowych ustaleń.