Bez względu na to, czy mamy do czynienia z państwowymi i samorządowymi jednostkami budżetowymi, czy też analizujemy sytuację samorządowych zakładów budżetowych, powinniśmy mieć świadomość tego, że kwestie związane zarówno z rozliczeniami VAT, jak i z ewidencją księgową tego rodzaju operacji są, nie bez przyczyny, określane często mianem skomplikowanych.
Do pewnego momentu w polskim prawie obowiązywała spójność i nie kwestionowano podmiotowości prawno-podatkowej wymienionych jednostek administracyjnych, w roku 2013 doszło jednak do brzemiennej w skutki zmiany. W czerwcu 2013 roku Naczelny Sąd Administracyjny określił, że gminne jednostki budżetowe nie mogą być postrzegane jako podatnicy VAT. Oczywiście to, że z listy podmiotów z sektora finansów publicznych, które dziś są definiowane jako podatnicy VAT mogą ubyć gminne jednostki budżetowe, nie zmienia położenia, w jakim znajdują się inne podmioty. Podatnikami VAT pozostają zatem państwowe jednostki budżetowe, jednostki samorządu terytorialnego, a więc gminy, powiaty oraz województwa samorządowe oraz samorządowe zakłady budżetowe. O jasności trudno mówić również, gdy analizuje się położenie powiatowych oraz wojewódzkich jednostek budżetowych. Sporna uchwała przyjęta przez NSA w 2013 roku znajduje zastosowanie w przypadku gminnych jednostek budżetowych. Warto zatem pamiętać tym, że tak w jej treści, jak i w samym uzasadnieniu nie ma wskazówek sugerujących zasadność stosowani opinii w przypadku innych jednostek. Co więcej, samo uzasadnienie sentencji uchwały NSA zawiera zapis, w myśl którego kwestia podmiotowości prawno-podatkowej powiatowych i wojewódzkich jednostek budżetowych jest określona tak, że są one podatnikami VAT. NSA podkreślił także, że nie ma możliwości odnoszenia do państwowych jednostek budżetowych wprost tego stanowiska, które dotyczy jednostek gminnych działających tak w imieniu, jak i na rachunek gminy jako publicznej osoby prawnej. Zamieszanie związane z sentencją uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego wymusiło też konkretne ruchy na pracownikach Ministerstwa Finansów. Ci ostatni zadeklarowali, że do końca 2013 roku opracowana zostanie nowa koncepcja rozliczania VAT odnosząca się do jednostek budżetowych gmin. Co więcej, MF obiecało dołożenie starań, aby skutki spornej uchwały charakteryzowały się jak najmniejszą uciążliwością. Niestety, termin przedstawienia nowej koncepcji rozliczenia VAT został dość szybko przesunięty w czasie. Takie działanie jest wynikiem złożenia pytania prejudycjalnego do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Organ ten ma wypowiedzieć się na temat tego, czy jednostka organizacyjna gminy może być w ogóle uznana za podatnika VAT w rozumieniu dyrektywy odnoszącej się do wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, choć nie spełnia ona warunku samodzielności, o którym mówi wspomniana dyrektywa. Do tego czasu polski resort finansów zobowiązuje się do tego, że nie będzie kwestionował stosowanych dotychczas praktyk, tak w przypadku rozliczania jednostek budżetowych, jak i tych, które odnoszą się do jednostek samorządu terytorialnego. Stan taki ma utrzymywać się aż do momentu, w którym zaistniały problem doczeka się ostatecznego rozwiązania.